Cũng như nguyên nhân của Rối loạn phổ tự kỷ (ASD), nguyên nhân của Hội chứng Asperger vẫn chưa được tìm ra. Di truyền và bất thường não có thể liên quan và đây không phải là kết quả của sự nuôi dạy hoặc nuôi dạy kém. Hội chứng Asperger là một rối loạn sinh học thần kinh, có nghĩa là nó chỉ là một phần trong quá trình phát triển não bộ của trẻ mà nguyên nhân vẫn chưa được hiểu đầy đủ.